En el interior del recinto amurallado encontramos una de las primeras construcciones góticas primitivas que existen en La Rioja (siglo XIII-XIV). La conocida como Ermita de San Juan ha tenido una interesante evolución histórica. 

Teniendo en cuenta los datos arqueológicos recabados, todavía incompletos, y la información de las fuentes escritas disponibles, se pueden esbozar las etapas principales desde el momento de su construcción hasta nuestros días (datos extraídos del informe arqueológico realizado por D. Pedro Alvarez Clavijo):



1º Capilla funeraria.- Las características del edificio original permiten concluir que fue concebido como una capilla funeraria exenta.  La capilla se levantó dentro del perímetro que delimitaba el cementerio que rodearía la iglesia parroquial medieval (construcción anterior a la existente). La entidad del edificio superaba con mucho la de las fosas, tumbas de lajas y sarcófagos habituales en los cementerios medievales, por lo que cabe suponer que se trata de una sepultura privilegiada iniciada por algún alto dignatario eclesiásticos o nobiliarios

4º Instalación de la Cofradía de la Vera Cruz. De acuerdo con los libros de la Cofradía, sus miembros se reunieron aquí, por primera vez, el 7 de junio de 1801. En los años anteriores venían haciéndolo en la ermita de Santa Catalina, que se ubicaba al pie de la muralla, en la calle Carnicerías. Una vez en su nueva sede, ¿o quizás, de vuelta en la antigua?, los cofrades emprenderían diversas obras para adecuar el interior de la ermita a sus necesidades.

5º Cementerio ocasional en 1836. En 1814, se había habilitado el cementerio público de la localidad en el espacio superior del recinto fortificado. Sin embargo, al estallar la I Guerra Carlista, el área fue ocupada por las tropas gubernamentales acantonadas en la villa y se suspendieron las inhumaciones. En vista de ello, fue necesario buscar sitios alternativos para los enterramientos. Uno de ellos sería la ermita de San Juan, cuya utilización se constata en el año 1836. Aquí pidió ser sepultado el presbítero Marcelo Anguiano por hallarse ocupado el campo santo con la tropa de esta guarnición y hallarse aquel sitio destinado en la actualidad para ello. Desconocemos qué número de inhumaciones llegaría a realizarse dentro de la ermita; pero es seguro que, una vez concluida la contienda, volvió a utilizarse el camposanto, en torno a la torre mayor de la fortificación.

6º Retorno de la Cofradía. Superado el episodio bélico, la Cofradía seguiría encargándose del mantenimiento del edificio, pero, no será hasta 1956 cuando los cofrades decidan acometer las obras que iban a alterar en mayor medida la morfología e idiosincrasia del edificio. Fue entonces cuando se construyó el forjado que lo dividió horizontalmente en dos plantas, se compuso la escalera para comunicarlas, se tabicó la planta superior, y probablemente, se intervino en los arcosolios funerarios. Las reformas se completarían en 1961, cuando se retiró el suelo de tarima de la planta baja para sustituirlo por el de terrazo existente en la actualidad. Más recientes, serían actuaciones como la instalación de las rejas de balaustres en la ventana del mediodía y en el balcón occidental, el acondicionamiento del hueco que albergaría la caja fuerte de la Cofradía y el repicado de las paredes de la planta baja, acometido después de 2004.

Tras las obras ejecutadas en 2020/2021 para restituir el monumento a su estado original, el Gobierno de La Rioja financió un estudio arqueológico que puso de manifiesto problemas estructurales en la ermita ocasionados por las diferentes intervenciones realizadas a lo largo del tiempo en los muros de la ermita. 

Este mes se iniciarán las obras de consolidación estructural de los muros de la ermita con un presupuesto de ejecución de cuarenta y cinco mil euros, las cuales serán subvencionadas íntegramente por el Gobierno de La Rioja.